以前、id:karuakunに「Virtual PCのゲストで作業していたらホストでパッチが当たってリブートされた」という話を聞きました。なんとなく覚えていたのですが、ログオンしているユーザがいる場合、スケジュールが来ても自動リブートさせない設定があります。
Windows XPではローカルコンピュータの構成でいけますが、Vistaだと明示的にMMCを起動して、「スナップインの追加と削除」から「ローカルコンピュータのポリシー」を追加してください。もちろんActive Directoryを使っている場合グループポリシーで実施してもOKです。