Download Microsoft Visual C++ 2010 Service Pack 1 Compiler Update for the Windows SDK 7.1 from Official Microsoft Download Center
Windows SDK Team Blogでお知らせされていました。Visual C++ 2010 Express EditionにSP1あてると、Windows SDKのx64版コンパイラが削除、Professional EditionではWindows SDKのIA64版が削除される現象を治すものだそうです。
Released: Visual C++ 2010 SP1 Compiler Update for the Windows SDK 7.1 - Microsoft Windows SDK Blog - Site Home - MSDN Blogs
もともとこの二つのプラットフォームはそれぞれサポートしていない(Windows SDKのコンパイラを呼び出すようにユーザーが構成できる)ので、SP1インストールで初期化されちゃったって感じなんでしょうかね。
IA64はともかく、Express Editionでx64は使っている人少しはいそうなので、困っていたらこのパッチをどうぞ。