今日Windows Update以外のツールでチェックされて気づいたのですが、.NET Framework 1.1版のMS07-040が適用されないケースがあるようです。
具体的にはWindows Server 2003 Goldの環境に.NET Framework 2.0をあてて、SP1へアップグレードして、いる場合。私の手元にある二台のマシンが該当しました。SP1適用済みのWindows Server 2003やWindows Server 2003 R2では問題ありません。気になる人は%SYSTEMROOT%\Microsoft.NET\Framework\v1.1.4322\mscorlib.dllを確認してみましょう。対象ファイルは他にもいっぱいあるのですが、確認はひとつだけで充分です。
古いファイルの(2007/4ではない)場合ダウンロードリンクから直接パッチをダウンロードして実行すれば適用されます。Microsoft Updateの検出ルールがよくないんじゃないかな。WSUSでも検出されませんでした。