TFSでは高速化のためにWebサーバ側(アプリケーション層)にキャッシュを持っています。バックアップ/リストアを行った時などはこのキャッシュフォルダの内容を削除しないと、トラブルが起きることがあります。
上記の通り、デフォルトではTFSをインストールしたフォルダになるのですが、より高速なドライブに作ったほうがいいのは当たり前ですし、キャッシュなのでディスク容量を意図しないくらいたくさん使っているかもしれません。
TFS 2013 Update2ではセットアップ中にこのキャッシュフォルダを指定することができるようになりました。
これはTFS Expressではないので50GBのようです。Expressはまだ入れていないのでわかりませんが、たぶんもう少し少ないんじゃないかと思います。
SSDや高速なドライブにキャッシュを配置すれば、より性能が上がるかもしれません。